Знахідки археологів у 1979 р. доводять, що люди жили тут з сивої давнини. У ХІ – ХІІ ст. на околицях сучасного Мстишина було селище давньоруського часу, а перша згадка про село датована 1366 р. У цьому ж році згадується Іван Мстишенський, як посередник у відносинах князя Любарта і польського короля Казимира.
В архівних документах зустрічаються такі варіанти назви села: Мостишин, Смцішин, Осмтишни, Мцісін. Так само, як німецький Кеніґсберґ або російський Санкт-Петербург, Мстишин славиться своїми численними мостами. Часто назву села пов'язують із цією характерною особливістю.
Свято-Миколаївський храм у Мстишині, як і саме село, має давню історію. Згідно Клірових відомостей церква Святого Миколая була заснована у 1787 р., священником тоді був Іосим Уйцеховський, який власним коштом побудував будинок і інші будівлі, а його оклад був 260 крб. Церква мала значні земельні володіння – 40 десятин, а з 1907 року – 90 десятин. У селі з 1914 року діяла церковно-приходська школа.
У середині 1870-х рр. на мстишинських землях оселилися чехи, які заснували колонію «Ладовка», збудували школу, клуб, пожежну частину. В кінці 40-х рр. чеські переселенці виїхали на батьківщину, назавжди вписавши свою сторінку в історію села.
В 30-ті роки минулого століття прогресивна молодь села створила філію товариства «Луцька Повітова Просвіта». Просвітянці організовували вистави, літературні свята, лекції, своїм коштом утримували бібліотеку.
Друга світова війна залишила глибокі рани в історії села. Під час відступу німецькі війська взимку 1944 року спалили місцеву церкву. Багато молодих людей з села пішло до лав УПА. Червона Армія звільнила Мстишин від фашистів 18 лютого 1944 року, відразу ж була проведена мобілізація. Мстишинці в рядах Червоної Армії боролися з фашистами в країнах Східної Європи. Багатьом з них не судилось повернутись з тих фронтів.
Післявоєнна відбудова підняла село з руїн. Відновила діяльність Мстишинська школа, яка функціонує і нині. У 2000 році на місці старої церкви була закладена капсула і освячене місце на будівництво нового храму в честь Святого Миколая. А 19 грудня 2004 року в новій Свято-Миколаївській церкві відбулось освячення престолу і перше святкове богослужіння.
